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DGIST(총장 국양) 슈퍼컴퓨팅·빅데이터센터와 핵심단백질자원센터(센터장 장익수)는 새로운 코로나19 치료제 인공단백질 11가지 후보들의 아미노산 서열과 3차원 구조를 슈퍼컴퓨팅 디자인하는데 성공했다.
디자인된 11가지 치료제 후보 인공단백질들의 생산공정 확립, 자체 생산 및 중화기능 분석과 인간 세포독성 분석을 완료하고 특허를 출원했다고 29일 밝혔다.
기존 코로나19 치료제 개발은 이미 개발된 약물을 이용하는 ‘약물 재창출’, 완치자 혈액 속 항체를 이용하는 ‘혈장 치료제’, 세포주를 이용해 코로나19 바이러스에 반응하는 항체를 개발하는 ‘항체 치료제’, 화학합성 물질을 이용한 ‘신약 개발’이 주를 이뤘다.
각 방법들은 치료제 개발 난이도, 개발 기간, 개발 비용과 효능 및 안전성 등에 따라 서로 다른 장단점을 지니며, 연구 및 임상결과로는 아직까지 성공적인 코로나19 치료제는 없는 상황이다.
이에 DGIST 슈퍼컴퓨팅·빅데이터센터 연구진들은, 기존 코로나19 치료제 개발방법과는 전혀 다른 방식으로 원자차원 슈퍼컴퓨팅 시물레이션과 통계열역학 및 생물물리학을 이용해 코로나19 바이러스의 스파이크 돌기 RBD 단백질과 인간 세포 hACE2 수용체 단백질의 구조에 기반을 둔 치료제 후보 인공단백질들의 구조를 슈퍼컴퓨팅 계산을 통해 디자인했다.
이들 디자인된 11가지 치료제 후보 인공단백질들에 대해 구조적, 열역학적 및 면역원성적 안정성에 대한 계산과학적 검증을 마쳤다.
DGIST 핵심단백질자원센터 연구진들은 슈퍼컴퓨팅 디자인된 치료제 후보 인공단백질의 클로닝, 발현, 정제, 생산 공정을 개발하고 자체 생산을 진행했다.
그 결과 현재 총 11가지 단백질들 중 7가지는 고순도 생산을 완료했고, 나머지 4가지는 곧 생산 완료될 예정이다.
생산된 단백질들에 대해서는 고급 질량(MALDI-TOF, Q-Exactive, Q-TRAP) 분석과 원편광 이색성(Circular Dichroism) 분석을 실시해 단백질의 질량, 아미노산 서열의 정상 여부 및 단백질 2차 구조의 안정성을 확인했다.
생산된 치료제 후보 단백질과 코로나19 바이러스 스파이크 돌기 RBD 단백질 사이의 결합 상수를 미세규모 열영동(MicroScale Thermophoresis) 실험을 통해 측정했다.
그 결과, 치료제 후보 인공단백질들이 인간세포 hACE2 수용체 단백질과 스파이크 돌기 RBD 단백질 사이에 기존에 알려진 결합 상수와 비교해 유사하거나 더 강하게, 스파이크 돌기 RBD 단백질에 결합한다는 것을 확인해, 생산된 치료제 후보 단백질들이 스파이크 돌기 RBD 단백질을 중화하는 기능을 보유함을 확인했다.
생산된 인공단백질 중에 PEP9 단백질을 6가지 인간(배아 신장, 간, 뇌 면역, 폐, 신장, 폐암) 세포주에 투여해 독성이 발생하지 않아 안전성을 확보했다.
장익수 센터장은 “DGIST 연구진들이 개발한 코로나19 치료제 후보 단백질들의 효능을 검증하기 위해 곧 BSL3급의 코로나 바이러스 실험 및 전임상 실험을 실시할 계획이다”며 “앞으로 진행될 세포주, 동물 및 인간에서 코로나19 바이러스에 대한 치료제 후보 단백질의 효능분석 연구의 결과에도 큰 기대를 갖고 있으며 이를 위해 정부, 과기계 및 민간의 적극적인 공동연구개발 참여와 지원이 필요하다”고 말했다.